A água usada nos sistemas de hidroponia não pode estar contaminada com algas pois além de ser um agente contaminante para a plantação cria uma camada de biofilme dentro da tubulação que reduz o volume de água circulante e entope os bicos aspersores aumentando os custos de manutenção. Por outro lado, os fertilizantes existentes na água do sistema fornecem os nutrientes necessários para a eutrofização e consequente proliferação de algas em todo o sistema.